Diawali dari instruksi Mendagri No. 25 Tahun 1998 tentang Pelayanan Perizinan Satu Atap di daerah, yang ditindak lanjuti oleh Instruksi Gubernur Sultra No. 02 Tahun 1999 tentang Pedoman Pembentukan Unit Pelayanan Sistem Satu Atap di lingkungan Pemerintah Daerah Tingkat II se Sulawesi Tenggara., maka pada tanggal 15 November 1999 diresmikanlah Unit Pelayanan Terpadu Sistem Satu Atap dan Satu Pintu Kota Kendari  dengan dasar hukun pembentukan melalui SK. Walikota Kendari Nomor 24 Tahun 2000 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata kerja Unit Pelayanan Terpadu Sistem Satu Atap dan Satu Pintu Kota Kendari, dengan struktur organisasi dan tata kerja terdiri dari: Kepala unit, Loket Informasi, Loket Pembayaran, Petugas Penelitian Teknis,  dan Petugas Pengelolaan Administrasi. Kepala unit saat itu dijabat oleh Bapak Drs. Najamuddin dari Tahun 1999 - 2001.

Pada Tahun 2001 Unit Pelayanan terpadu Sistem Satu Atap dan Satu Pintu ditingkatkan statusnya menjadi Kantor Pelayanan Perizinan berdasarkan Perda Nomor 1 Tahun 2001 tentang pembentukan organisasi perangkat daerah, yang dijabat oleh Bapak Drs. K. Iskandar Zulkarnain sampai Tahun 2004, dengan struktur organisasi dan tata kerja terdiri dari: Kepala Kantor; Sub. Bagian Tata Usaha; Seksi Publikasi dan Pengaduan Masyarakat; Seksi Administrasi dan Penerbitan izin; dan Seksi pengujian Lapangan.

Selanjutnya dalam kurun waktu tahun 2004 - 2008 Kepala Kantor Pelayanan Perizinan di jabat oleh Dra. Hj. Ferial Bunggasi, M.Si. Kemudian dalam tahun 2008 - April 2009 Kepala Kantor Pelayanan Perizinan di jabat oleh Dra. Hj. Asni Bonea. 

Pada Tahun 2009 Kantor Pelayanan Perizinan ditingkatkan statusnya menjadi Badan Penyelenggara Pelayanan Perizinan Kota Kendari berdasarkan Perda Nomor 6 Tahun 2009 tentang pembentukan  organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah Kota Kendari, sebagai kepala Badan saat itu adalah Dra. Hj. Ferial Bunggasi, M.Si., jabatan ini diemban sampai dengan 24 Juni 2011, selanjutnya  pada periode 24 Juni 2011 – 13 Agustus 2013 Kepala Badan dijabat oleh Drs. H. Abdul Madjid. Kemudian pada periode 13 Agustus 2013 dijabat oleh Yan Bela, SE. 

Pada tanggal 31 Desember 2013 Badan Pelayanan Perizinan Kota Kendari berubah nama menjadi Badan Pelayanan Perizinan Terpadu Satu Pintu Dan Penanaman Modal Daerah Kota Kendari dan sebagai Kepala Badan dijabat oleh Yan Bela, SE dengan struktur organisasi dan tata kerja terdiri dari : Kepala Badan; Sekretaris (Subbagian Umum dan Kepegawaian; Subbagian perencanaan dan Evaluasi); Bidang Pelayanan dan Pengaduan Masyarakat (Subbidang Pelayanan dan Publikasi; Subbidang Pengaduan Masyarakat); Bidang Pengujian Teknis, Koordinasi dan Pengawasan (Subbidang Pelayanan dan Publikasi; subbidang Pengaduan Masyarakat); Kepala Bidang Perizinan dan Data (Kepala Sub Bidang Perizinan dan Non Izin; Kepala Sub Bidang Pengolahan Data dan Sistem Informasi); Kepala Bidang Penanaman Modal (Kepala Sub Bidang Investasi dan Promosi; Kepala Sub Bidang Kerjasama dan Pengendalian).

Kemudian untuk lebih meningkatkan pelayanan kepada masyarakat sesuai dengan tujuan pembentukan PTSP yaitu untuk memberikan pelayanan perijinan yang cepat,mudah,praktis dan efirien maka pada tanggal 17 Oktober 2016 Badan Penyelenggara Pelayanan Perizinan Kota Kendari di tingkatkan statusnya menjadi Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu Kota Kendari berdasarkan Perda Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan Organisasi dan Susunan Perangkat Daerah Kota Kendari, dengan Kepala Dinas dijabat Bapak Yan Bela, SE. Jabatan ini diemban sampai dengan 27 Februari 2017. Berhubung bapak Yan Bela,SE memasuki usia pensiun maka pada periode 27 Februari 2017 – 5 September 2017 jabatan Kepala Dinas dilaksanakan oleh Pelaksana Tugas dalam hal ini diemban oleh Sekretaris Dinas PM&PTSP Kota Kendari yaitu Ridha Wahyuni Nappu, SE.,M.Si berdasarkan SK Walikota Nomor 378 Tahun 2017 tentang Penunjukan Pelaksana Tugas Kepala Organisasi Perangkat Daerah Lingkup Pemerintah Kota Kendari. 

Kemudian pada tanggal 5 September 2017 Kepala Dinas dijabat oleh Sri Yusnita, ST.,MM. Berdasarkan SK Walikota Kendari Nomor 954 Tahun 2017 tentang Pengangkatan dalam Jabatan Pimpinan Tinggi Pratama Lingkup Pemerintah Kota Kendari, dengan struktur organisasi dan tata kerja sebagai berikut :


1.     Kepala Dinas

2.     Sekretaris
       a.   Sub bagian Umum dan Kepegawaian
       b.  Sub bagian perencanaan, Evaluasi dan Pelaporan
       c.   Sub bagian Keuangan

3.    Bidang Penanaman Modal
       a.  Seksi Pengembangan Iklim Investasi
       b.  Seksi Promosi dan Kerja Sama
       c.  Seksi Pelayanan Penanaman Modal

4.    Bidang Pendaftaran Perizinan dan Pengaduan
       a.  Seksi Publikasi dan Informasi
       b. Seksi Pendaftaran Perizinanan dan Non Perizinan
       c.  Seksi Pengaduan Masyarakat

5.     Bidang Pengujian Teknis, Koordinasi dan Pengawasan
       a.  Seksi Pengujian Teknis 
       b.  Seksi Koordinasi Teknis
       c.  Seksi Pengawasan dan Pengendalian

6.    Bidang Penetapan, Pengelolaan Perizinan, Non Perizinan dan Data
       a. Seksi Penetapan
       b. Seksi Pengelolaan Izin dan Non Izin
       c. Seksi Pengolahan Data dan Sistem Informasi